Kao kemikalija, dezinficijensi zahtijevaju posebnu pozornost na mjestu skladištenja. Općenito, sredstva za dezinfekciju treba čuvati na dobro-prozračenom, suhom mjestu, daleko od izravne sunčeve svjetlosti i pristupa djece, kao što je hladno, suho mjesto poput skladišne prostorije, ormara ili kutije. Nadalje, treba ih držati podalje od hrane i pića kako bi se spriječilo slučajno gutanje ili zlouporaba. Ako je dezinfekcijsko sredstvo tekuće, treba ga čuvati u zatvorenoj posudi kako bi se spriječilo curenje. Prilikom skladištenja treba ga držati odvojeno od drugih kemikalija kako bi se izbjegle nezgode.
